El proceso penal en Colombia. Parte I: la indagación

Un funcionario de la Fiscalía cita a una persona a entrevista. Nadie ha sido imputado, no hay audiencia programada, no hay expediente que se pueda revisar. Sin embargo, hace meses que existe una investigación con nombre propio. Esa etapa tiene nombre técnico, reglas precisas y términos que corren desde el primer día.

En Estudio Penal Abogados trabajamos esta fase en defensa de personas y empresas investigadas, en capturas y citaciones a imputación, y en representación de víctimas que necesitan que la investigación avance. En esta primera entrega encontrará quién dirige la indagación, qué actos de investigación existen, qué controla el juez de control de garantías, cuánto puede durar legalmente, qué pasa cuando ese plazo se vence, qué puede hacer la defensa antes de que lo imputen, y cómo termina la indagación por archivo o por preclusión. Todo con la jurisprudencia de la Corte Suprema de Justicia que fija las reglas. Cuente con un abogado desde la indagación, antes de la imputación.


¿Qué es la indagación y quién la dirige?

La indagación es la primera etapa del proceso penal colombiano. Va desde que la Fiscalía recibe la noticia criminal —una denuncia, una querella, un informe— hasta que ocurre una de tres cosas: se formula imputación, se solicita la preclusión o se archiva la actuación. En términos prácticos, es la etapa en la que se investiga sin que exista todavía una persona formalmente vinculada al proceso.

La dirige la Fiscalía General de la Nación. El artículo 200 del Código de Procedimiento Penal, modificado por el artículo 49 de la Ley 1142 de 2007, le asigna la indagación e investigación de los hechos que revistan características de un delito, y le encarga la dirección y control de las actividades de policía judicial. Esto último es clave: la policía judicial —CTI, SIJIN, Dijín— no investiga por su cuenta, sino que ejecuta órdenes del fiscal.

En esta etapa en esta etapa no hay juez que dirija el proceso. El juez de control de garantías interviene solo cuando lo convocan para autorizar o revisar actos concretos. No hay un funcionario judicial vigilando de forma permanente lo que hace la Fiscalía. De ahí la importancia de que la defensa sepa cuándo y cómo activar ese control.

¿Qué son los actos de investigación?

Los actos de investigación son las diligencias con las que la Fiscalía busca y asegura información: entrevistas, interrogatorios al indiciado, inspecciones al lugar de los hechos, obtención de documentos, exámenes técnicos, análisis contables, informes de policía judicial. La mayoría se realizan sin intervención de ningún juez.

Un grupo distinto son los actos que afectan derechos fundamentales. Ahí el Código exige control judicial, y ese control puede ser previo o posterior. Los registros y allanamientos y la interceptación de comunicaciones se someten a control de legalidad del juez de control de garantías dentro de las treinta y seis horas siguientes: así lo ordena el numeral 1 del artículo 154 del Código de Procedimiento Penal, modificado por el artículo 12 de la Ley 1142 de 2007. La retención de correspondencia se rige por el artículo 233, que remite analógicamente a esos mismos criterios.

La búsqueda selectiva en bases de datos tiene un régimen propio y más exigente. Aunque el artículo 244 menciona la autorización previa del fiscal, la Corte Constitucional condicionó su exequibilidad «en el entendido que se requiere de orden judicial previa cuando se trata de datos personales organizados con fines legales y recogidos por instituciones o entidades públicas o privadas debidamente autorizadas para ello» (C-336 de 2007). Es decir: orden previa del juez de control de garantías y, además, revisión de legalidad dentro de las treinta y seis horas siguientes a la culminación de la búsqueda. El simple cotejo de información de acceso público, en cambio, no exige orden previa.

Esto tiene consecuencias concretas. Un allanamiento a una vivienda o a una oficina, la incautación de equipos o la extracción de información de un teléfono son actos que quedan registrados en la actuación: si el control judicial no se hizo, o se hizo mal, la evidencia obtenida queda expuesta a una discusión de exclusión más adelante. Documentar esas fallas desde el primer día es parte del trabajo de la defensa.

¿Qué son las audiencias preliminares y qué controla el juez de control de garantías?

Las audiencias preliminares son las audiencias que se realizan ante el juez de control de garantías, antes de que el caso llegue al juez de conocimiento. El artículo 154 del Código de Procedimiento Penal las enumera: control de legalidad de registros, allanamientos e interceptaciones; práctica de prueba anticipada; medidas de protección para víctimas y testigos; solicitud de medida de aseguramiento; medidas cautelares reales; la formulación de la imputación; el control de legalidad del principio de oportunidad; y las peticiones de libertad presentadas antes del anuncio del sentido del fallo.

El numeral 9 de esa norma agrega «las que resuelvan asuntos similares a los anteriores». Esa cláusula abierta permite llevar ante un juez actuaciones de la Fiscalía que la ley no listó expresamente. La Corte Suprema lo ha precisado al explicar por qué una decisión de archivo no queda sin control:

«24. No obstante, el ordenamiento jurídico penal contempla otros mecanismos ordinarios e idóneos de control frente a esa clase de determinaciones. En efecto, el artículo 154 del Código de Procedimiento Penal (Ley 906 de 2004) confiere al juez de control de garantías la función de velar por la observancia de los derechos fundamentales en las actuaciones de la Fiscalía, incluso en la etapa de indagación, cuando se alegue arbitrariedad, omisión o desconocimiento del debido proceso. De igual modo, el denunciante o víctima puede acudir ante el superior jerárquico o la Dirección Seccional de Fiscalías, conforme a los artículos 79 y 115 del mismo estatuto, para solicitar la revisión del archivo y verificar el cumplimiento de los presupuestos de motivación y legalidad.»

CSJ STP17340-2025, 20 oct. 2025, rad. 149327, M.P. Carlos Roberto Solórzano Garavito

Traducido: hay dos vías de control sobre lo que la Fiscalía hace o deja de hacer en la indagación. Una judicial, ante el juez de control de garantías. Otra administrativa, ante el fiscal superior o la Dirección Seccional. En ese mismo caso la Corte declaró improcedente la tutela precisamente porque el interesado no había usado la vía judicial: advirtió «que el accionante aún contaba con la posibilidad de acudir al juez de control de garantías para solicitar la verificación de las garantías procesales y el examen de la razonabilidad de la decisión fiscal, de manera que no se agotó plenamente la vía judicial prevista en el ordenamiento penal».

¿Cuánto dura la indagación en Colombia?

La indagación tiene un plazo máximo legal. Lo fija el parágrafo 1 del artículo 175 del Código de Procedimiento Penal, modificado por el artículo 49 de la Ley 1453 de 2011:

PARÁGRAFO 1o. La Fiscalía tendrá un término máximo de dos años contados a partir de la recepción de la noticia criminis para formular imputación u ordenar motivadamente el archivo de la indagación. Este término máximo será de tres años cuando se presente concurso de delitos, o cuando sean tres o más los imputados. Cuando se trate de investigaciones por delitos que sean de competencia de los jueces penales del circuito especializado el término máximo será de cinco años.

Ley 906 de 2004, art. 175, par. 1, modificado por la Ley 1453 de 2011, art. 49.

La Corte Suprema ha resumido esas reglas con claridad. Sobre el plazo base señaló que «el parágrafo 1º del artículo 175 de la Ley 906 de 2004, dispone que la Fiscalía tendrá un término máximo de dos años, contado a partir de la recepción de la noticia criminal, para formular imputación o disponer motivadamente el archivo de la indagación». Y sobre las prórrogas precisó: «Ese término puede prolongarse bajo dos hipótesis. La primera, se extiende a tres años cuando exista concurso de delitos o sean tres o más los imputados, y la segunda, se amplía a cinco años cuando la investigación recaiga sobre delitos que sean competencia de los jueces penales del circuito especializados». CSJ STP12402-2025, 1 jul. 2025, rad. 146163, M.P. José Joaquín Urbano Martínez.

Hay dos parágrafos más que conviene tener presentes. El parágrafo 3, adicionado por el artículo 35 de la Ley 1474 de 2011, duplica esos términos en los procesos por delitos de competencia de los jueces penales del circuito especializados, por delitos contra la Administración Pública y por delitos contra el patrimonio económico que recaigan sobre bienes del Estado respecto de los cuales proceda la detención preventiva, cuando sean tres o más los imputados o los delitos investigados. Y el parágrafo 2, adicionado por el artículo 2 de la Ley 2205 de 2022, reduce el plazo a ocho meses —prorrogables por una sola vez hasta por seis, y solo cuando medie justificación razonable— en los delitos de homicidio, feminicidio, violencia intrafamiliar y contra la libertad, integridad y formación sexuales, en todos los casos cuando se hayan perpetrado contra menores de dieciocho años.

El plazo es un máximo, no una meta. La Corte lo dijo sin rodeos en la misma providencia: «Desde luego, lo expuesto no implica que la Fiscalía deba agotar ese plazo para tomar una decisión». Y por el otro lado, mientras el término corra, no hay violación del debido proceso por la sola ausencia de decisión: «lo cierto es que está en término para formular imputación en contra del denunciado, archivar las diligencias o solicitar su preclusión. Por tanto, no existe la violación al derecho al debido proceso que alega la demandante».

¿Qué pasa cuando la Fiscalía se pasa del término de la indagación?

Vencido el término del artículo 175, la indagación no se archiva automáticamente ni el proceso termina. Lo que se abre es un escenario de mora judicial injustificada, exigible por vía de tutela, cuyo remedio típico es una orden judicial que le fija a la Fiscalía un plazo perentorio para decidir.

La Corte Suprema lo aplicó así en un caso de indagación estancada más de seis años:

«23. La Sala considera que, si bien se han ejecutado algunas actuaciones puntuales, la dilación de más de seis (6) años en una etapa preliminar de investigación como la indagación, sin que exista imputación, preclusión o archivo, constituye una mora judicial injustificada, más aún cuando se trata de hechos que involucran a una mujer víctima de trata de personas en su infancia, lo cual exige una respuesta pronta y con enfoque diferencial.»

CSJ STP11925-2025, 29 jul. 2025, rad. 146773, M.P. Carlos Roberto Solórzano Garavito

El remedio que impuso la Corte fue ordenar a la Fiscalía que, «dentro del término de seis (6) meses, contados a partir de la notificación de esta providencia», adoptara la decisión que en derecho correspondiera, «ya sea mediante la formulación de imputación, solicitud de preclusión o archivo motivado, conforme a su autonomía funcional y a lo dispuesto en el artículo 175 de la Ley 906 de 2004». Es decir: la Corte no decide por la Fiscalía, pero le fija un plazo.

La segunda pieza de esta línea es la carga de justificar el retraso, que no recae en quien reclama sino en la autoridad:

«Se resalta, además, que no es dable catalogar la mora como justificada con fundamento en la congestión que presenta la Fiscalía General de la Nación y la Rama Judicial, pues más allá de una afirmación genérica, para que opere el reconocimiento de la mora judicial justificada es menester que la autoridad judicial acredite las razones que motivan el desconocimiento de los términos judiciales dada la complejidad del asunto u otros factores, así como las labores desarrolladas tendientes al cumplimiento de las funciones jurisdiccionales.»

CSJ STP8281-2023, 10 ago. 2023, rad. 132058, M.P. Diego Eugenio Corredor Beltrán

En ese caso la Corte constató que «el término de dos (2) años previsto en el parágrafo del artículo 175 de la Ley 906 de 2004 (…) se encuentra ampliamente superado» y ordenó decidir en tres meses. Esto sirve en las dos posiciones. Si usted es víctima —persona o empresa— y su denuncia lleva años sin avanzar, tiene una herramienta concreta. Y si usted es el investigado, una indagación abierta por tiempo indefinido también puede forzarse a una decisión.

¿Qué puede hacer la defensa antes de que lo imputen?

El Código de Procedimiento Penal reconoce facultades investigativas a la defensa desde antes de la imputación, y no las condiciona a que exista una audiencia. El punto está zanjado en sede constitucional: el inciso 1 del artículo 8 dice que el derecho de defensa se ejerce «una vez adquirida la condición de imputado», y la Corte Constitucional declaró exequible esa expresión «sin perjuicio del ejercicio oportuno, dentro de los cauces legales, del derecho de defensa por el presunto implicado o indiciado en la fase de indagación e investigación anterior a la formulación de la imputación» (C-799 de 2005). La defensa no empieza con la imputación.

  • El artículo 267 permite que quien es informado de una investigación en su contra, aun sin ser imputado, cuente con asesoría de abogado, y que ese abogado busque, identifique empíricamente, recoja y embale elementos materiales probatorios, además de solicitar exámenes periciales privados. La misma norma habilita pedir control del juez de garantías sobre actuaciones que afecten derechos fundamentales.
  • El artículo 268 extiende esas facultades al imputado y su defensor, incluido el traslado de elementos al Instituto Nacional de Medicina Legal.
  • El artículo 271 autoriza entrevistar personas para encontrar información útil para la defensa, y documentar esas entrevistas por escrito, grabación, video u otro medio técnico.
  • El artículo 273 fija los criterios con los que se valorará ese material: legalidad, autenticidad, sometimiento a cadena de custodia y grado actual de aceptación científica, técnica o artística.

A esas facultades se suma una que se pide por escrito y que la Corte Suprema ha reconocido de forma reiterada: el acceso a la noticia criminal. Quien es investigado tiene derecho a que la Fiscalía le entregue copia íntegra del documento que dio origen a la indagación, porque ahí están los hechos de los que debe defenderse (CSJ STP2580-2021, 28 ene. 2021, rad. 114241, M.P. Gerson Chaverra Castro). Y el derecho no se agota ahí: la Corte ordenó entregar al indiciado «los documentos que reposen en la indagación… con excepción de los elementos materiales probatorios, evidencia física e información legalmente obtenida», porque la reserva del descubrimiento probatorio, que se surte en la acusación, «no le impide suministrar al indiciado los demás elementos que obren en la actuación» (CSJ STP5195-2025, 25 mar. 2025, rad. 144141, M.P. Gerardo Barbosa Castillo).

Esa solicitud es la primera diligencia razonable cuando lo citan a interrogatorio o a entrevista: sin conocer la noticia criminal, la declaración se rinde a ciegas.

En la práctica esto se traduce en trabajo temprano: reconstrucción documental, dictámenes técnicos o contables de parte, entrevistas a quienes después serán testigos y, cuando el investigado es una empresa o un directivo, auditorías internas. Quien llega a la audiencia de imputación con ese trabajo hecho negocia y litiga en una posición distinta a quien llega solo a escuchar.

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El archivo de las diligencias: ¿cuándo procede y qué requisitos tiene?

El archivo es una decisión de la Fiscalía —no de un juez— con la que se cierra la indagación por falta de materia delictiva. Su texto legal es breve:

ARTÍCULO 79. ARCHIVO DE LAS DILIGENCIAS. Cuando la Fiscalía tenga conocimiento de un hecho respecto del cual constate que no existen motivos o circunstancias fácticas que permitan su caracterización como delito, o indiquen su posible existencia como tal, dispondrá el archivo de la actuación.

Sin embargo, si surgieren nuevos elementos probatorios la indagación se reanudará mientras no se haya extinguido la acción penal.

Ley 906 de 2004, art. 79. Artículo condicionalmente exequible.

1. Requiere hechos claros, no intuiciones

El archivo es un juicio de atipicidad objetiva: la conducta descrita en la noticia criminal no encaja en ningún tipo penal. Y para poder hacer ese juicio hay que saber primero qué ocurrió. La Corte Suprema lo formuló así:

«De allí que el presupuesto básico para poder optar por el archivo de las diligencias por atipicidad objetiva, es la claridad sobre los hechos incluidos en la noticia criminal. Solo si se conocen los hechos es posible concluir que no se adecúan a uno de los tipos penales contenidos en la parte especial.»

CSJ SP1118-2025, 30 abr. 2025, rad. 68550, M.P. Carlos Roberto Solórzano Garavito

La consecuencia práctica para las víctimas: un archivo dictado sin haber realizado ningún acto de investigación, cuando los hechos denunciados eran confusos o incompletos, es un archivo atacable. No basta con que el fiscal diga que no ve delito; tiene que haber establecido qué pasó.

2. Las causales no se agotan en el texto del artículo 79

En esa misma providencia la Corte recordó que las causales de archivo no están objetivamente enunciadas en el artículo 79 y que la jurisprudencia las ha precisado. Además de la inexistencia del hecho y la atipicidad de la conducta, señaladas por la Corte Constitucional, la Sala reiteró que se incluyen la imposibilidad fáctica y jurídica de efectuar la acción, la imposibilidad de encontrar o establecer el sujeto activo y la imposibilidad de encontrar o establecer el sujeto pasivo. CSJ SP1118-2025, 30 abr. 2025, rad. 68550, que reitera la línea del auto de 5 de julio de 2007.

3. El archivo solo procede por atipicidad objetiva

Esta es la regla que gobierna toda la figura, y viene del control de constitucionalidad del propio artículo 79. La Corte Constitucional lo declaró exequible «en el entendido de que la expresión «motivos o circunstancias fácticas que permitan su caracterización como delito» corresponde a la tipicidad objetiva y que la decisión será motivada y comunicada al denunciante y al Ministerio Público para el ejercicio de sus derechos y funciones» (C-1154 de 2005). El fiscal verifica si el hecho encaja objetivamente en un tipo penal; nada más.

De ahí se desprende el límite que con más consecuencias prácticas tiene: al archivar, «no le compete al fiscal… hacer consideraciones sobre elementos subjetivos de la conducta ni mucho menos sobre la existencia de causales de exclusión de la responsabilidad», pues «su competencia implica la constatación fáctica de aquellos mínimos elementales en cualquier investigación, que establezcan la posible existencia material del hecho y su carácter aparentemente delictivo» (CSJ SP1297-2024, 29 may. 2024, rad. 59688, M.P. Carlos Roberto Solórzano Garavito).

La Corte Suprema lo ha aplicado en tutela y ha dejado sin efectos archivos que se salieron de ese marco: si el fiscal persiste en archivar «deberá motivar exclusivamente en torno de la atipicidad objetiva; y si de cuestionar la tipicidad subjetiva se trata», el asunto debe llevarse ante el juez de conocimiento (CSJ STP8072-2018, 18 jun. 2018, rad. 98691, M.P. Eyder Patiño Cabrera; en el mismo sentido CSJ STP7761-2021, 20 abr. 2021, rad. 115685, M.P. Hugo Quintero Bernate).

Traducido: si el fiscal archivó diciendo que «no se acreditó el dolo», que «obró en error» o que «hubo un caso fortuito», se salió de su competencia. Eso, para el denunciante, es un argumento de desarchivo.

4. El archivo es provisional y se puede pedir el desarchivo

«Por lo anterior, reitera la Corte que, la naturaleza jurídica del archivo a que se hace referencia es la provisionalidad y en este punto se diferencia de otras formas de terminación del proceso penal que contempla la Ley 906 de 2004. Motivo por el cual la orden de archivo de las diligencias debe comunicarse a la víctima y el Ministerio Público; de este modo, garantizar la oportunidad para solicitar el desarchivo de estas y la continuidad del trámite procesal correspondiente, cuando (i) se observan nuevos elementos materiales de prueba o evidencia física, o (ii) se demuestre que la orden no procedía, por no cumplirse con alguno de los presupuestos previstos en la ley.»

CSJ SP1297-2024, 29 may. 2024, rad. 59688, M.P. Carlos Roberto Solórzano Garavito

Dos causales de desarchivo, entonces: prueba nueva, o defecto en la decisión original. Y una obligación de la Fiscalía: comunicar el archivo a la víctima. Si nunca le informaron, difícilmente pudo ejercer el derecho.

La preclusión: ¿qué causales tiene y en qué se diferencia del archivo?

La preclusión es la otra forma de terminar la actuación sin llegar a juicio, y es sustancialmente distinta del archivo. La pide la Fiscalía y la decide un juez de conocimiento, en audiencia. Su efecto es definitivo: en firme la decisión, «cesará con efectos de cosa juzgada la persecución penal contra el imputado por esos hechos» (artículo 334 del Código de Procedimiento Penal), y se revocan las medidas cautelares.

El artículo 331, modificado por el artículo 9 de la Ley 2477 de 2025, dispone que «en cualquier momento el fiscal solicitará al juez de conocimiento la preclusión una vez sobrevenga alguna de las causales previstas en el siguiente artículo». Las causales del artículo 332, con la modificación del artículo 10 de la misma ley, son siete: imposibilidad de iniciar o continuar el ejercicio de la acción penal; existencia de una causal que excluya la responsabilidad; inexistencia del hecho investigado; atipicidad del hecho investigado; ausencia de intervención del imputado en el hecho; imposibilidad de desvirtuar la presunción de inocencia; y vencimiento del término máximo previsto en el inciso segundo del artículo 294. Durante el juzgamiento, las causales 1 y 3 pueden ser solicitadas también por el Ministerio Público, el procesado o su defensor.

Las tres diferencias que hay que retener:

  1. Quién decide. El archivo lo dispone la Fiscalía; la preclusión la decreta un juez.
  2. El efecto. El archivo es provisional y admite desarchivo; la preclusión hace tránsito a cosa juzgada.
  3. El alcance del examen. El archivo se limita a la tipicidad objetiva; la preclusión abarca causales de ausencia de responsabilidad y de insuficiencia probatoria.

Sobre la causal de atipicidad, la Corte ha exigido que sea absoluta: es necesario «que la actuación no coincida con ningún tipo penal, a efectos de extinguir la acción penal con efecto de cosa juzgada (atipicidad absoluta)», de modo que el juez debe valorar sujeto activo, acción, resultado, causalidad, medios y modalidades, y el elemento subjetivo exigido. CSJ SP1297-2024, 29 may. 2024, rad. 59688, que reitera CSJ AP de 27 nov. 2013, rad. 38458.

El estándar probatorio de la preclusión

En 2025 la Corte Suprema corrigió una exigencia frecuente en los tribunales: pedirle a quien solicita la preclusión que acredite la causal «más allá de toda duda», «de manera plena» o de forma «fehaciente». Interpretado en concordancia con el artículo 250.5 de la Constitución, el umbral es otro y es negativo: la ausencia de mérito para acusar, esto es, «la ausencia de probabilidad de verdad sobre la existencia del delito o la autoría o participación del procesado en el mismo». De ahí que la preclusión no proceda porque subsista alguna duda, sino cuando el material recaudado no permite afirmar esa probabilidad y no quedan actos de investigación idóneos que puedan cambiarla. CSJ AP2259-2025, 2 abr. 2025, rad. 68337, M.P. José Joaquín Urbano Martínez.

¿Qué es la «inferencia razonable» de autoría o participación?

Para imputar, la Fiscalía necesita alcanzar un estándar de conocimiento determinado. El artículo 287 del Código de Procedimiento Penal lo define así: «El fiscal hará la imputación fáctica cuando de los elementos materiales probatorios, evidencia física o de la información legalmente obtenida, se pueda inferir razonablemente que el imputado es autor o partícipe del delito que se investiga».

La inferencia razonable no exige certeza —esa se reserva para la condena, conforme al artículo 381— pero sí exige apoyo probatorio. La Corte explicó cómo se articulan los estándares:

«Este acto está amparado por los elementos de prueba que recauda el ente investigador cuyo contenido le imponen formular imputación siguiendo el estándar de conocimiento de inferencia razonable de autoría o participación (art. 287, L. 906/04). Aplica igualmente para aquellos que se recopilen posteriormente, en el caso que así ocurra, con los cuales fundamenta la acusación en el marco de un conocimiento de probabilidad de verdad que se exige para este último momento procesal (art. 336 ib.).»

CSJ SP2491-2024, 11 sep. 2024, rad. 62354, M.P. Myriam Ávila Roldán

La misma providencia deja una conclusión que sirve para toda la etapa: «el estándar de conocimiento para imputar o acusar está ligado a los elementos de prueba producto de la actividad investigativa». No se imputa por sospecha ni por presión mediática: se imputa por evidencia.

El Código fija tres estándares de conocimiento, uno por cada momento procesal:

  • Inferencia razonable de autoría o participación, para imputar (art. 287).
  • Probabilidad de verdad sobre la existencia del delito y la autoría, para acusar (art. 336).
  • Conocimiento más allá de toda duda, para condenar (art. 381).

Y su reverso, que es el que interesa a la defensa: cuando la Fiscalía no alcanza el estándar de su etapa, debe renunciar a la acción penal. La Corte lo expresó así: «Desde una perspectiva negativa, cuando la fiscalía no encuentre acreditado alguno de los antedichos estándares, debe renunciar al ejercicio de la acción penal a través de distintas figuras, como lo son el archivo de las diligencias o la preclusión». CSJ SP1118-2025, 30 abr. 2025, rad. 68550.

¿Qué hacer si lo están investigando y todavía no hay imputación?

La indagación es la etapa con más margen de actuación. Cinco decisiones concretas:

  1. No espere la citación a imputación para contratar defensa. El artículo 267 le permite tener abogado y recoger evidencia desde antes de ser imputado. Ese trabajo no se puede improvisar en la audiencia.
  2. Antes de aceptar una entrevista o un interrogatorio, evalúe con su abogado. Lo que se diga sin preparación en esta etapa reaparece después, y en investigaciones económicas suele reaparecer como el hecho que fija la imputación.
  3. Documente cada acto de investigación que lo afecte. Allanamientos, incautación de equipos, extracción de datos, requerimientos a bancos. Si el control judicial no se hizo en las treinta y seis horas, eso se reclama después; y si se accedió a datos personales en poder de bancos, operadores o entidades sin orden previa del juez de control de garantías, el reclamo es más fuerte todavía.
  4. Verifique el término del artículo 175. Cuente desde la noticia criminal. Si el plazo está vencido y la Fiscalía no decide, hay una vía para forzar la decisión.
  5. Si es víctima, exija que le comuniquen el archivo. Y si ya lo archivaron con consideraciones sobre dolo o causales de exclusión, pida el desarchivo y, si lo niegan, acuda al juez de control de garantías antes de pensar en tutela.

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Preguntas frecuentes sobre la etapa de indagación

¿Cuánto tiempo tiene la Fiscalía para imputar o archivar en Colombia?

El parágrafo 1 del artículo 175 del Código de Procedimiento Penal, modificado por la Ley 1453 de 2011, fija un término máximo de dos años desde la recepción de la noticia criminal para formular imputación u ordenar motivadamente el archivo. El plazo sube a tres años si hay concurso de delitos o tres o más imputados, y a cinco años en delitos de competencia de los jueces penales del circuito especializados. El parágrafo 3, adicionado por la Ley 1474 de 2011, duplica esos términos en delitos contra la Administración Pública y contra el patrimonio del Estado cuando hay tres o más imputados o delitos.

¿Qué pasa si se vence el término de la indagación y la Fiscalía no decide?

El proceso no se archiva automáticamente. Lo que se configura es una mora judicial injustificada exigible por tutela, y el remedio habitual es que el juez constitucional fije un plazo perentorio a la Fiscalía para imputar, precluir o archivar. En CSJ STP11925-2025, rad. 146773, la Corte Suprema concedió el amparo ante una indagación de más de seis años y ordenó decidir en seis meses. La Corte también ha aclarado que la congestión invocada de forma genérica no justifica la mora (CSJ STP8281-2023, rad. 132058).

¿Cuál es la diferencia entre el archivo de las diligencias y la preclusión?

El archivo lo dispone la Fiscalía, sin juez, y solo procede cuando el hecho no se puede caracterizar como delito (artículo 79 del Código de Procedimiento Penal); es provisional y admite desarchivo si aparecen nuevos elementos probatorios o si se demuestra que no procedía. La preclusión, en cambio, la solicita la Fiscalía y la decreta un juez de conocimiento en audiencia por una de las causales del artículo 332, y en firme hace tránsito a cosa juzgada, cesando definitivamente la persecución penal por esos hechos (artículo 334).

¿Qué estándar debe probarse para que un juez decrete la preclusión?

No hay que demostrar la causal más allá de toda duda ni de manera plena. En CSJ AP2259-2025, rad. 68337, la Corte Suprema precisó que el estándar de la preclusión es un umbral negativo —la ausencia de mérito para acusar, leída conforme al artículo 250.5 de la Constitución—: procede cuando el material recaudado no permite afirmar la probabilidad de verdad sobre el delito o sobre la autoría, y no quedan actos de investigación idóneos que puedan variarla.

¿En qué casos puede la Fiscalía archivar la indagación?

Solo por atipicidad objetiva. La Corte Constitucional declaró exequible el artículo 79 del Código de Procedimiento Penal en el entendido de que la expresión «motivos o circunstancias fácticas que permitan su caracterización como delito» corresponde a la tipicidad objetiva, y de que la decisión debe ser motivada y comunicada al denunciante y al Ministerio Público (C-1154 de 2005). De ahí que el fiscal no pueda archivar valorando el dolo ni causales de exclusión de responsabilidad: eso le corresponde al juez de conocimiento, por vía de preclusión (CSJ SP1297-2024, rad. 59688; CSJ STP8072-2018, rad. 98691; CSJ STP7761-2021, rad. 115685). Un archivo que valore aspectos subjetivos excede esa competencia y es atacable mediante desarchivo.

¿Quién controla las decisiones de la Fiscalía durante la indagación?

Existen dos vías. La judicial, ante el juez de control de garantías, a quien el artículo 154 del Código de Procedimiento Penal le confiere velar por los derechos fundamentales en las actuaciones de la Fiscalía, incluso en la indagación, cuando se alegue arbitrariedad, omisión o desconocimiento del debido proceso. Y la administrativa, ante el superior jerárquico o la Dirección Seccional de Fiscalías, conforme a los artículos 79 y 115. Así lo precisó CSJ STP17340-2025, rad. 149327, que además declaró improcedente la tutela por no haberse agotado la vía judicial.

¿Qué es la inferencia razonable de autoría o participación?

Es el estándar de conocimiento que la Fiscalía debe alcanzar para formular imputación. El artículo 287 del Código de Procedimiento Penal exige que de los elementos materiales probatorios, la evidencia física o la información legalmente obtenida se pueda inferir razonablemente que el imputado es autor o partícipe del delito investigado. Es un estándar inferior a la probabilidad de verdad exigida para acusar (artículo 336) y al conocimiento más allá de toda duda exigido para condenar (artículo 381), pero requiere respaldo probatorio real: la Corte Suprema recordó en CSJ SP2491-2024, rad. 62354, que el estándar de conocimiento para imputar o acusar está ligado a los elementos de prueba producto de la actividad investigativa.

¿Puede la defensa investigar antes de que exista imputación?

Sí. La Corte Constitucional declaró exequible la expresión «una vez adquirida la condición de imputado» del artículo 8 del Código de Procedimiento Penal «sin perjuicio del ejercicio oportuno, dentro de los cauces legales, del derecho de defensa por el presunto implicado o indiciado en la fase de indagación e investigación anterior a la formulación de la imputación» (C-799 de 2005). En concreto, el artículo 267 permite que quien es informado de una investigación en su contra cuente con abogado y que este busque, identifique, recoja y embale elementos materiales probatorios y solicite exámenes periciales privados; el artículo 271 autoriza entrevistar personas; y el artículo 273 fija los criterios de valoración de ese material. A ello se suma el derecho a pedir copia de la noticia criminal y de los demás documentos de la indagación —con excepción de los elementos materiales probatorios, la evidencia física y la información legalmente obtenida—, reconocido por la Corte Suprema en CSJ STP2580-2021, rad. 114241, y CSJ STP5195-2025, rad. 144141.


Esta es la Parte I de una serie de dos entregas sobre la estructura del proceso penal colombiano. En la Parte II abordamos la audiencia de formulación de imputación y sus consecuencias, los hechos jurídicamente relevantes y el principio de congruencia, el escrito de acusación y sus términos, la audiencia preparatoria y el descubrimiento probatorio, y el juicio oral hasta la sentencia.

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Carlos Fernando Alarcón González

Abogado penalista de la Universidad Externado de Colombia, con Maestría en Derecho Penal Económico (UNIR) y Especialización en Derecho Penal de la Universidad del Rosario.

Cuenta con más de 15 años de experiencia en el litigio de alta complejidad. Antes de fundar Estudio Penal, se desempeñó durante más de una década en la firma Jaime Granados Peña & Asociados, donde lideró como Jefe de Litigios Complejos la defensa de casos de trascendencia nacional.

Su práctica actual se centra en la defensa de directivos y empresas, anticipando escenarios de riesgo y ejecutando estrategias técnicas en delitos contra la administración pública y el patrimonio.